Cel considerat resposabil pentru atentat de către oficialităţiile americane, Lee Harvey Oswald, este un personaj curios. Acesta a lucrat ca operator de radar la o bază americană unde erau staţionate avioane de spionaj U-2, a defectat mai târziu în Uniunea Sovietică şi s-a însurat cu nepoata unui colonel KGB.
După ce s-a întors în Statele Unite, Oswald s-a ocupat cu propagandă pentru Cuba lui Castro, folosindu-se de o clădire din New Orleans pe care o împărţea cu un fost agent FBI care încerca să îl înlăture pe Castro. În toamna lui 1963, Harvey s-a mutat în Dallas unde avea mai multe contacte în FBI şi-a luat o slujbă în Texas Book Repository, chiar pe traseul unde avea să fie împuşcat Kennedy.
Raportul Warren are însă şi multe alte elemente neconcordante, la fel de interesante, care nu sunt cunoscute publicului larg, cum ar fi cele 12 fotografii realizate de Phillip Willis, cu puţin timp înainte şi după asasinat. Deşi acesta a fost audiat de comisie, nu s-a ridicat de loc problema celei de-a opta fotografii, făcută la intrarea clădirii Texas Book Repository, în care apare un om care seamănă izbitor de mult cu Jack Ruby.
Mai este apoi şi problema radiografiilor, acestea fiind confiscate de agenţi federali în timp ce preşedintele se afla la Bethesda Naval Hospital. Radiografiile ar fi oferit dovezi de necontestat cu privire la traiectoria gloanţelor, ceea ce ar fi ajutat la o determinare precisă a locaţiei trăgătorului. Pe de altă parte, în miile de pagini din raportul Warren, se pot găsi detalii despre amprenta dentară a mamei lui Harvey Oswald, din anii 1950, precum şi o analiză complexă a trei fire de păr pubice ale asasinului.
Potrivit procurorului din New Orleans, Jim Garisson, ziarul Dallas Morning News din 22 noiembrie conţinea o hartă cu ruta convoiului prezidenţial. Potrivit acestei hărţi, preşedintele ar fi trebuit să rămână pe strada Principală, după trecerea prin piaţa Dealy, fără să treacă pe lângă Book Depository. Maşina preşedintelui a urmat alt traseu, aducându-l pe JFK în ţinta lui Oswald şi a forţat maşinile să meargă cu 15 kilometri pe oră. Primarul oraşului Dallas Earle Cabell a fost cel care a semnat pentru modificările traseului.
Raportul conţine sute de asemenea probleme, dintre ele putându-se extrage câteva motive pentru grupuri diverse care ar fi avut interesul să îl vadă pe Kennedy mort.
Cubanezii
Una dintre ipotezele care a supravieţuit de-a lungul anilor este cea care îi implică pe cubanezii de extremă dreaptă, exilaţi în Statele Unite, care s-ar fi simţit trădaţi de politica lui Kennedy, care a refuzat ca trupele americane să participe la invazia trupelor cubaneze, antrenate de CIA, operaţiune cunoscută drept Golful Porcilor. Aceştia au fost decimaţi, mii de imigranţi fiind ucişi sau închişi de regimul Castro. O conspiraţie a cubanezilor este însă puţin probabilă pentru că comunitatea din Statele Unite era infiltrată de agenţi ai serviciilor secrete americane şi nu s-ar fi putut organiza fără ştirea lor. O teorie mult mai probabilă este că în spatele asasinării ar putea fi Castro, acesta supravieţuind mai multor atentate la viaţa sa, de cele mai multe ori organizate de CIA.
KGB
Aceasta este o teoria care are cei mai mulţi adepţi. Leon Trotsky Oswald a stat doi ani în Rusia, s-a însurat cu nepoata unui colonel KGB şi s-a întors în SUA pentru a-l ucide pe preşedintele Statelor Unite într-un moment sensibil al Războiului Rece.
Singura problemă este motivul. Kennedy îi umilise aparent pe sovietici în conflictul cu rachetele nucleare din Cuba, dar situaţia geopolitică a ruşilor era mai puternică în 1963. Kennedy mutase rachetele nucleare de la graniţa Turciei, ca o concesie, şi fusese de acord să lase Cuba în pace. Premierul rus Kruschev nu avea interes să scape de preşedintele american pentru că nu se putea aştepta la asemenea înţelegere de la Johnson sau un alt succesor republican.
Mafia
Familia Kennedy a luat o poziţie foarte puternică împotriva crimei organizate. Robert Kennedy ocupa atunci funcţia de procuror general şi era puternic antipatizat de liderul sindical şi mafiot, Jimmy Hoffa, din cauza mai multor procese. Mafia avea şi o legătură puternică cu comunitatea cubaneză, CIA folosind ambele grupări pentru lovituri împotriva lui Castro. Familiile mafiote s-au simţit trădate de tratamentul procurorului general după ce colaboraseră cu CIA-ul.
Mafia avea motivul şi resursele pentru a-l da jos pe Kennedy şi pe fratele său, controlându-l şi pe Jack Ruby, patonul de club de striptease. Este însă puţin probabil că ar fi putut influenţa comisia Warren şi investigatorii FBI.
Guvernul Statelor Unite
Această teorie este atât şocantă încât ar putea fi şi adevărată. Cea mai probabilă versiune este că o facţiune a CIA-ului a decis să se ocupe de Kennedy din trei motive posbile.
1. A renunţat la Cuba, o ţară la care agenţia a lucrat din greu să o îngenucheze.
2. Pentru a-l împiedica să facă acelaşi lucru şi cu Vietnamul.
3. Ca răspuns la valurile de concedieri după eşecul din Golful Porcilor, începând cu directorul Agenţiei Allen Dulles (care a fost şi membru în comisia Warren)
2. Pentru a-l împiedica să facă acelaşi lucru şi cu Vietnamul.
3. Ca răspuns la valurile de concedieri după eşecul din Golful Porcilor, începând cu directorul Agenţiei Allen Dulles (care a fost şi membru în comisia Warren)
CIA-ul din acea perioadă era mult diferit de instituţia de acum, fiind formată din veterani din Al Doilea Război Mondial, aceeaşi care au scos naziştii din Europa, deşi asemenea misiuni păreau imposibile.
Facţiunea se descurcă foarte bine pe teritoriu american şi alcătuieşte o echipă de trădători formată din cubanezi, mafioţi sau alt grup nemulţumit. Oswald este adus ca ţap ispăşitor. Ruby este păcălit şi îl împuşcă pe Oswald, iar adevăraţii asasini au fost la rândul lor ucişi şi îngropaţi undeva în Mexic.
Teoria CIA, spre deosebire de restul, oferă o explicaţie bună pentru neregulile din comisia Warren. Guvernul, chiar dacă ar fi aflat vreodată de implicarea CIA-ului nu ar fi putut spune nimic pentru că reacţia negativă ar fi fost de neoprit.
Conspiraţia zero
În istoria Statelor Unite, începând cu anul 1840, fiecare preşedinte ales într-un an care se termină cu zero a murit în timp ce ocupa funţia. Singura excepţie este Ronald Reagan care a supravieţuit unui asasinat. Decesele preşedinţilor sunt aranjate, din motive mistice numerologice sau din alte cauze necunoscute. Principalii vinovaţi sunt în general francmasonii, bancherii sionişti, Vaticanul, Casa Regală Britanică şi alte grupuri. Nu există niciun sprijin pentru această teorie cu excepţia coincidenţei bizare.